Organy znajdujące się w kaplicy od strony zachodniej zostały zbudowane w 1710 r. przez znakomitego gdańskiego organmistrza Andreasa Hildebrandta. Zastąpiły instrument z 1650 roku. Powstały jako zwieńczenie istniejącej już od 1645 r. empory muzycznej, czyli tzw. galeryjki, której obecny wygląd jest efektem licznych przekształceń. Oryginalnie empora rozciągała się także na ścianę północną, jednak po 1945 r. została skrócona. Śladem tej ingerencji jest brak centralnego położenia organów oraz asymetryczne rozmieszczenie filarów podtrzymujących galerię.