Początki wspólnoty sięgają połowy XIX wieku. Wówczas katolicy – coraz liczniej osiedlający się w Nowym Porcie, rozwijającym się w rytmie przemysłowego boomu – zmuszeni byli do pokonywania znacznych odległości, aby uczestniczyć w liturgii w Oliwie. Wraz z rozwojem późniejszej dzielnicy, zwłaszcza po I rozbiorze Polski i przyłączeniu Nowego Portu do Gdańska, pojawiła się potrzeba utworzenia niezależnej struktury duszpasterskiej. Ewangelicy uzyskali dom modlitwy już po 1807 r., a katoliccy wierni rozpoczęli starania o własną kaplicę po kasacie opactwa cystersów. Pierwsza kaplica została wzniesiona w 1854 r. przy dzisiejszej ul. Na Zaspę. Powołano tu samodzielną kurację, zaś już rok później formalnie utworzono duszpasterstwo. Zgoda na budowę właściwego kościoła parafialnego (u zbiegu ulic Oliwskiej i ks. Góreckiego) była wówczas ewenementem – świątynia stała się pierwszym nowym kościołem katolickim w granicach Gdańska od czasu rozbiorów.