Wzmiankowany już w 1323 r. swój początek prawdopodobnie zawdzięcza Krzyżakom. Od XIV w. należał do gdańskich brygidek, które sprawowały patronat nad parafią i mianowały jej duszpasterzy. Choć historia tej wspólnoty była burzliwa, to właśnie dzięki niej Pręgowo do dziś zachwyca niezwykłym bogactwem sztuki sakralnej.