Przyszedł na świat (w 1611 r.) i dojrzewał w Gdańsku, który na mapie dawnej Rzeczpospolitej zajmował wyjątkową pozycję. „Najbogatszy i najprężniejszy ośrodek miejski dystansował potencjałem ekonomiczno-handlowym inne o wiele słabsze miasta polskie, stanowiąc równocześnie pierwszoplanowe ognisko życia umysłowego i artystycznego” – pisała prof. Karolina Targosz. Przyszły astronom był przedstawicielem rodziny od kilku pokoleń mieszkającej w mieście nad Motławą, „zaliczającej się do tzw. pospólstwa, czyli średniej warstwy mieszczaństwa, a w jej obrębie – do nie stroniącej od handlu zbożem i spekulacjami pieniężnymi grupy rzemieślników” – wyjaśnia prof. Sławomir Kościelak. To właśnie bogaci rodzice – znani w Gdańsku przede wszystkim z produkcji smacznego piwa – zagwarantowali Janowi wszechstronne wykształcenie. Nieprzeciętnie uzdolniony siedmiolatek już w 1618 r. rozpoczął naukę w Gdańskim Gimnazjum Akademickim, do którego zazwyczaj trafiały dzieci o cztery, pięć lat starsze. Spotkanie z wybitnymi wykładowcami zaowocowało zamiłowaniem do nauk ścisłych – przede wszystkim astronomii.