Trzon kościoła powstał w XIV wieku, w czasie gdy na Żuławach utrwalał się wzorzec ceglanej architektury sakralnej. Tutejsze świątynie musiały być solidne i możliwe do utrzymania przez wiejskie wspólnoty. Koźliny wpisują się w ten model. Mamy budowlę murowaną z cegły, o układzie salowym, rozplanowaną na wydłużonym prostokącie, z orientacją ołtarza ku wschodowi. Prezbiterium nie jest wyraźnie wydzielone, co jest charakterystyczne dla części żuławskich kościołów wiejskich: zamiast „dwóch światów” nawy i prezbiterium dostajemy jedną, spójną przestrzeń. Warto zwrócić uwagę na to, jak taka architektura działa w praktyce. Z zewnątrz jest oszczędna, ale dzięki temu każdy element konstrukcyjny ma sens. Ściany, rytm osi, prosty plan, a do tego trwałość materiału. To jest gotyk użytkowy, pozbawiony maniery, postawiony przez ludzi, którzy wiedzieli, że kościół ma przetrwać dłużej niż jedno pokolenie – od drugiej połowy XVI stulecia aż do 1945 r. służył ewangelikom. Świątynię gruntownie przebudowano w XVII wieku. Właśnie wtedy porządkowano przestrzeń, dostosowywano ją do późniejszej pobożności barokowej i do rosnących potrzeb wspólnoty. Kościół zachował gotycki kręgosłup, ale został uzupełniony o nowe akcenty, między innymi o wieżę frontową, która dziś jest jednym z najbardziej rozpoznawalnych elementów obiektu. Różne źródła nieco inaczej datują fazy budowy wieży. Jedne mówią o drewnianej wieży dobudowanej w XVIII w., inne precyzują rok 1686 i opisują jej górną partię jako konstrukcję szkieletową wypełnioną cegłą. W praktyce bywa tak, że zasadnicza konstrukcja (lub jej kluczowa przebudowa) ma swoją datę, a później dochodzą naprawy, nadbudowy albo wymiana elementów drewnianych, które przesuwają pamięć obiektu w stronę kolejnego wieku. Pewne jest natomiast, że dzisiejszy charakter wieży jest wyraźnie nowożytny i mocno żuławski, właśnie przez połączenie cegły z drewnem. Na wieży wisi dzwon z 1684 roku.