Początki miejscowości zapisują się w źródłach już w 1308 r., a sama świątynia powstała w pierwszej połowie XIV wieku. Trutnowy trafiły wówczas w orbitę gospodarki państwa krzyżackiego: wieś została wykupiona przez zakon, a przywilej lokacyjny z 1334 r. porządkował jej status i uposażał parafię. Ten ekonomiczny fundament miał bardzo konkretne konsekwencje. Jak na wiejską okolicę wzniesiono kościół „ponad miarę”, na tyle okazały, że u schyłku średniowiecza rozbudowano go o trójnawowy korpus i wieżę. Po reformacji świątynia, od ok. 1580 r., stała się własnością gminy ewangelickiej. W dokumentach pojawiają się kolejne remonty: w 1622 r. odnotowano prace naprawcze, a w 1673 r. gwałtowna burza zawaliła drewnianą część wieży. Odbudowano ją dopiero w 1702 r. XIX wiek przyniósł następne ingerencje, w tym charakterystyczną, ryglową lukarnę. To ważny trop, bo Trutnowy są żuławskim „laboratorium” styku ceglanej gotyckiej solidności z drewnem i techniką szkieletową, tak typową dla niziny. Rok 1945 odebrał kościołowi najwyższy punkt. Według mieszkańców wieżę rozebrano, by nie stała się czytelnym drogowskazem dla artylerii. Po wojnie zabezpieczono murowaną część, a w latach 1947–1959 naprawiono strop i wykonano dach na koronie wieży. Kolejny remont przeprowadzono w latach 1976–1977, wtedy też rozebrano nowożytną kruchtę. Dopiero w ostatniej dekadzie udało się wrócić do pierwotnego gestu architektonicznego: w latach 2016 i 2017 odtworzono drewnianą część wieży z hełmem krytym gontem, a w 2019 r. nastąpiło jej uroczyste poświęcenie.